Au cours de l'été 1962, Monseigneur G. Hakim, Evêque d'Accra (Israël) de rite grec-melchite, invita le père Dockx à l'accompagner au Concile en tant que son théologien-conseil. La grande estime qu'il vouait aux Pères grecs et à la Liturgie orientale incita le Père Dockx à accepter avec enthousiasme. A Rome, en octobre de la même année, le Patriarche Melchite Maximos IV Saigh demanda de nommer le Père Dockx Peritus Officiel du Concile comme délégué du patriarcat grec-melchite, fonction dans laquelle il se révéla particulièrement actif et compétent. En effet, ayant consacré une large part de son enseignement à donner le cours De Ecclesia, il rédigea en 1963 une étude d'une centaine de pages, intitulée Des Pouvoirs dans l'Eglise, destinée aux Pères du Concile et publiée pro manuscripto.

Il y insistait sur la mission prophétique de l'Eglise et sur le rôle de l'Esprit Saint dans celle-ci. Il n'hésita pas à abandonner saint Thomas pour enseigner que la juridiction est donnée aux évêques de par leur ordination elle-même et non de par une concession à partir du Pape. C'est cette conception qui a été définie par le Concile et qui était, d'ailleurs, entièrement conforme aux idées des évêques orientaux.

Une autre initiative du Père Dockx, à la fin du Concile, mérite d'être citée : On sait que le 7 décembre 1965, veille de la clôture du Concile, eut lieu, en même temps à Rome et à Constantinople, la levée des excommunications prononcées, en 1054, par les légats du Pape Léon IX contre Michel Cérulaire, Patriarche de Constantinople, et de celui-ci contre les légats du Pape. Ce geste mutuel de réconciliation et d'estime fraternelle entre le Patriarche Athénagoras et le Pape Paul VI a été comme le couronnement du Concile Vatican II et comme la semence jetée en terre d'un Concile d'Union qui se prépare dans le secret des cœurs des fidèles de l'Orient et de l'Occident. Ce geste du 7 décembre 1965 a fait une telle impression, qu'il a été célébré l'année suivante, 7 décembre 1966, par un échange de missives fraternelles entre le Pape Paul VI et le Patriarche Athénagoras. L'année suivante, le 25 juillet 1967, le Pape a rendu visite au Patriarche à Constantinople et celui-ci a rendu visite au Pape à Rome le 26 octobre suivant. Ce que l'on sait moins évidemment, c'est que le Père Dockx a été l'un des initiateurs de ce geste de réconciliation. Profitant du fait qu'il était au Concile le Peritus du Patriarche Maximos IV qui se disait n'être au Concile que le représentant du grand absent : le Patriarche Athénagoras, il proposa à sa Béatitude Maximos de se mettre en relation avec le Patriarche Orthodoxe et avec le Secrétariat pour l'Unité des chrétiens, afin de remonter jusqu'au sommet de la séparation entre l'Eglise Orthodoxe et l'Eglise Romaine et d'enlever ainsi l'obstacle à un rapprochement progressif entre les deux Eglises et à l'amorce d'un véritable mouvement d'union, vu que l'Union formulée au Concile de Florence avait été d'inspiration plutôt politique.

Les nombreuses activités théologiques exercées par le Père S. Dockx l'incitèrent à réaliser la formation de la seconde classe de l'Institut, celle des Sciences Sacrées, présente dans sa pensée depuis 1944.

Sa participation au Concile Vatican II fut l'occasion favorable qui lui permit d'envisager concrètement la réalisation de son projet. En effet, durant les années 1962-1964, furent présents à Rome comme Periti, Auditeurs, Observateurs, un grand nombre de théologiens parmi les plus éminents de la Chrétienté. Il fut, dès lors, possible au Père Dockx de présenter son projet et d'organiser avec certains d'entre eux des réunions d'information et de préparer ensemble une session d'étude sur un sujet actuel important.

C'est ainsi qu'un premier symposium, réunissant plus d'une vingtaine de Periti, observateurs orthodoxes et protestants, eut lieu à Constance - dans l'ancien couvent des Dominicains - du 16 au 19 mai 1964.

La question de la collégialité épiscopale ayant été évoquée au Concile, fin 1963, et mise au programme de la session d'automne 1964, le Père Dockx, en accord avec ses invités, fixa le thème de cette rencontre : La collégialité des membres du corps épiscopal dans l'exercice de leurs fonctions.

Il y présenta lui-même une étude intitulée : Essai sur l'exercice collégial du pouvoir par les membres du corps épiscopal. Au dire du Père Congar, ce fut une étude 'originale et personnelle'.

En clôturant cette session, les participants assurèrent le Père Dockx de leur coopération active à la formation de la Classe des Sciences Sacrées de 1'Institut.

Dès lors, il pouvait annoncer officiellement dans la lettre qu'il leur adressa le 15 juin 1965, ainsi qu'à d'autres théologiens, la fondation prochaine de l'Académie et en préciser le but :

" Plusieurs Periti du Concile Vatican II, ainsi que d'autres théologiens appartenant à diverses confessions chrétiennes, réunis lors du week-end de Pentecôte en la ville de Constance, pour étudier ensemble le problème de la 'Collégialité épiscopale', ont décidé de fonder une ACADEMIE INTERNATIONALE DES SCIENCES RELIGIEUSES (A.I.S.R.), à titre de seconde classe de l'Institut international des Sciences Théoriques, qui comporte déjà depuis une vingtaine d'années, une Académie internationale de Philosophie des Sciences. L'Académie internationale des Sciences religieuses a pour but de grouper des théologiens d'appartenance religieuse et de nationalités différentes, en vue de chercher en commun, dans un climat de dialogue, un progrès du savoir religieux, principalement à l'intérieur de la Révélation chrétienne " - but essentiellement œcuménique et ecclésial.

Il entrait aussi dans les intentions du fondateur d'organiser des sessions communes aux deux Académies, afin de " permettre à des hommes de science, philosophes spiritualistes, de fraterniser avec des théologiens de confessions différentes, en vue d'étudier des problèmes communs aux deux classes et de tendre vers une synthèse entre 'science', 'philosophie' et 'théologie'. Le Père Dockx reçut l'accord des futurs Académiciens sur ce point, mais ils spécifièrent ensemble que " la difficulté même de l'entreprise demande que, seuls des savants de tout premier ordre, hommes de science dispersés dans maints pays, soient appelés à faire partie de l'Institut ".

Avant de se quitter, les participants à la première session de l'A.I.S.R. décidèrent de se réunir l'année suivante afin de débattre du thème : Unité des Eglises dans leur union commune au Christ, susceptible d'intéresser aussi bien les Orthodoxes que les Protestants et les Catholiques. Ce second symposium de l'Académie se tint à Monaco, du 5 au 8 juin 1965.

Enfin, la liste d'une cinquantaine de théologiens fut établie en fin de session à Monaco, en vue de les inviter au symposium de fondation officielle qui se tiendrait en 1966.

Rentré à Bruxelles, après la fin du Concile, le Père Dockx organisa le symposium de 1966, qui eut lieu à Heverlee (Louvain) du 27 au 31 mai sur le thème : L'Esprit Saint et l'Eglise, à la fois œcuménique et dogmatique, qui rencontra l'intérêt des diverses confessions représentées au sein de l'Académie :
- théologiens catholiques : séculiers et réguliers de différents ordres religieux ;
- théologiens orthodoxes : de différents Patriarcats ;
- théologiens protestants : Luthériens, Calvinistes, Presbytériens, etc.

C'est au cours de cette session qu'eut lieu la fondation officielle de l'ACADEMIE INTERNATIONALE DES SCIENCES RELIGIEUSES. Les participants en furent les membres fondateurs.